藥師琉璃光如來已修證一塵不染、絲毫無瑕、內外明澈的「淨琉璃體」,其對於欲染的過患與如何克服欲染的方法,自是了然於胸,故廣發十二大願,要幫助一切眾生亦能擺脫世間諸欲的纏縛與障礙,修證出一樣的「淨琉璃體」。
是以,藥師琉璃光如來的示現,最主要就是要化解人們累劫以來頑固不化的私心。私心的毛病是非常嚴重的。私心會令人做出許多損人、缺德的事情。愈是忠誠、老實、善良、公正、不自私,愈是透明、潔淨、清澈。
因此要救度自己,讓自己身中的藥師琉璃光如來顯現,必須徹底下定決心,發弘大誓願,行造出內外明澈、利己利人的功德事蹟,如此修行的經過,即是《藥師琉璃光如來本願功德經》。